חלק גדול בניהול חשבונות לתשלום הוא תשלום לספקים או החזר הוצאות לעובדים . ניתן להשתמש בפונקציות כדי להוסיף שורות תשלומים עבור חשבוניות רכישה המגיעות לפירעון בדף יומן תשלומים . כדי לשלוח תנועות תשלום לבנק , ניתן לייצא שורות יומן תשלומים מרובות לקובץ, ולאחר מכן להעלות את הקובץ לבנק. ניתן גם לבצע תשלומים באמצעות מס"ב, המחאה ממוחשבת, לרבות העברת צ'קים כתשלומים אלקטרוניים.

משימה אופיינת נוספת היא להחיל תשלומים על תנועות הספק או העובדים הקשורים אליהם כדי לסגור חשבוניות רכישה, זיכוי או חשבונות עובדים כפי ששולמו. תוכל לעשות זאת בדף יומן התאמה לתשלומים על ידי ייבוא קובץ דף חשבון בנק כדי לרשום את התשלומים. התשלומים מוחלים על רישומי ספק, לקוחות או עובדים פתוחים על ידי התאמת פרטים ותאריך ערך. ישנן דרכים שונות לסקור ולשנות את ההתאמות לפני רישום היומן. ניתן לבחור לסגור כל רישומי חשבונות פתוחים של חשבון בנק הקשורים לכניסות שהוחלו בעת רישום היומן. חשבון הבנק מיושם אוטומטית כאשר כל התשלומים מיושמים.

לחלופין, ניתן ליישם ולהתאים תשלומים יוצאים באופן ידני בדף יומן תשלומים או מהרשומות הקשורות לספק או לעובדים.