קופה קטנה משמשת לרוב כקופת מזומנים בעלת סכומים נמוכים יחסית, לשם רכישת מוצרים ושירותים המבוצעים במזומן ובסכומים קטנים, למשל רכישת כיבוד למשרד, ציוד משרדי, החזר הוצאות לעובדים וכו'. קופה קטנה משמשת גם להחזר ההוצאות לעובדים אשר אין לזקוף בגינם הכנסה, לדוגמה הוצאות נסיעה ללקוח של העובד, החזר הוצאות דלק לצורך נסיעה ללקוח. אלו הוצאות שהיו מותרות לעובד בניכוי.
אף על פי שמדובר בסכומים קטנים, עדיין יש להקפיד כי המזומנים בקופה הקטנה יועברו כנגד חשבונית או קבלה.
באשר לכיבודים בעסק, תקנה 16 לתקנות מס ערך מוסף, התשל"ו-1976, קובעת כי אין להתיר מס תשומות בגין הוצאות אירוח כגון רכישת כיבוד, אולם, הוראה זו אינה חלה על רכישות שנעשו מתוך קופה קטנה, לצורך "כיבוד בסיסי" כגון קפה ותה, על פי הוראת פרשנות 66.713. לגבי תשומות אלה יותר מס התשומות בניכוי במלואו.
לעניין דיווח מע"מ מקוון, עוסקים רשאים לא לפרט את סוגי התשומות שנרשמו בקופה קטנה. זאת בתנאי שסך הכול בקופה הקטנה אינו עולה על הגבוה מבין 3% מסך התשומות בתקופת הדיווח או 3,000 ש"ח מס תשומות. במסמך מסוג זה (K ) ייכללו תשומות המוגדרות קופה קטנה (חניה, מוניות, ציוד משרדי וכד') ובלבד שסכום המע"מ של חשבונית בודדת שנכללה ברשומה מרכזת זו לא יעלה על 300 ש"ח.
בתנועות קופה קטנה לא צריך לרשום את מספר העוסק של הספק (אלא רושמים תנועה לחובת כרטיס הוצאה ולחובת מע”מ תשומות ולזכות מי שמקבל את התשלום).
רישום קופה קטנה דרך חשבונית רכש ספק לעובד
בהגדרות כרטיס העובד (ספק), בטאב חשבונית, שדה סוג מעמ Vendor VAT Type יהיה מוגדר קופה קטנה.
למעט הגדרה זו רישום חשבונית רכש יהיה ללא שינוי מחשבונית ספק "רגיל".
רישום קופה קטנה דרך פקודת יומן
ניתן לרשום קופה קטנה דרך פקודת יומן General Journal או פקודת יומן מסוג רכש Purchase Journal.
יש לשים לב שבהגדרות אצוות היומן שדה העתקת הגדרות מעמ לשורה מסומן ב- Copy VAT Setup to Jnl. Line (Yes).
פקודת היומן שתירשם
ח – כרטיס הוצאה
ח – מע"מ תשומות (אין צורך להזין שורה זו נרשם אוטומטית מהגדרות מע"מ של כרטיס ההוצאה והגדרות האצווה)
ז – קופה קטנה/ בנק/ כרטיס אשראי